对于含有N个原子的团簇,平动有三个自由度,一般情况下,转动也有三个自由度,剩余3N-6自由度属于振动。 (可参考朗道《力学》$24) vasp计算团簇是加真空层把团簇当做晶体计算,故其计算结果是3N个转动频率,若结构优化比较好(稳定),会出现6个接近零的频率(或实或虚)。(许多情况下可当做零处理)

计算步骤:

1.结构优化计算(迟豫计算) INCAR_R

SYSTEM=name
NSW=200
ENCUT=400
ISMEAR=0
EDIFFG=-0.02
EDIFF=1e-06
NPAR=2
ISIF=2
ISTART=0
IBRION=2

和普通晶体结构优化无区别。

2.计算频率 利用上一步得到的优化后的结构CAONTCAR当做这一步的POSCAR计算频率 INCAR_V

SYSTEM=name
NSW=300
ENCUT=400
ISMEAR=0
EDIFFG=-0.01
LCHARG=F
LWAVE=F
LREAL=F
EDIFF=1e-06
#NPAR=2
ISIF=2
IBRION=5
NFREE=2
POTIM=0.02

最主要差别在于后三个参数设置,详情参照vasp manual。

注意,NSW的值必须大于3N*NFREE+1(+-dx dy dz)!!!

NPAR必须是默认等于核数(不设置);ENCUT要测试;LREAL可根据情况设为Auto。

!!!真空层大小要慎重,计算速度差距很大。

其他:

KPOINTS统一使用gamma点

Automatic mesh
0
Gamma
1     1     1
0     0     0


任务文件参考

申请计算资源的命令



for i in {3..25}
do 
cp INCAR_R INCAR
cp POSCAR-$i POSCAR
mpirun -np ${NSLOTS} vasp5.4.4-std
mv CONTCAR CONTCAR-R$i
mv OSZICAR OSZICAR-R$i
mv OUTCAR OUTCAR-R$i
rm WAVECAR
rm EIGENVAL
cp INCAR_V INCAR
cp CONTCAR-R$i POSCAR
mpirun -np ${NSLOTS} vasp5.4.4-std
mv CONTCAR CONTCAR-V$i
mv OSZICAR OSZICAR-V$i
mv OUTCAR OUTCAR-V$i
rm WAVECAR
rm EIGENVAL
done

最后得到的振动盘在OUTCAR里面。采用数据时能量一般使用第一步得到的能量。 附上提取频率和能量命令。

grep 'cm-1' OUTCAR >> sp.txt

E=`tail -1 OSZICAR$i`
echo $i$E >>energy